923年（延長1）醍醐天皇の勅願により菅原道真の神霊を祀ったと伝える。水難火難除けの神として知られ、もと上京区上天神町にあったが堀川通の拡張により昭和25年現在地に移転した。菅公（道真）が降り立ったという登天石が境内にある。

「菅公登天石」とも呼ばれる。洛中をしばしば雷火が見舞い、祈祷の命を受けた法性坊尊意が宮中へ向かおうと鴨川に差し掛かると、川が急に氾濫した。神劔を捧げ祈ると、水はたちまち二分し、中央の岩上に菅公が現れ、やがて昇天するやたちまち雷雨がおさまった。このとき菅公が現れた岩を「登天石」と名付け、現存する石はその一部だと伝える。
また、出世石もある。
水火天満宮境内、登天石横にある神石。大願成就、世に出る石として、信仰がある。ああ、けっこう散歩したなあ、もう帰ろうか。 

　ふと前方を見る。ああ、堀川通を越えたところに紫式部の墓があるのだ。